砚山县人民检察院于1955年8月10日成立，院址设于砚山县人民政府内。期间，砚山县与文山县合并为文山县，撤销砚山县制，砚山县人民检察院也随之撤销，1961年8月，砚山从文山析出，恢复县制，检察机构同时恢复。1966年5月，“文化大革命”开始，检察制度发展中断，机构被撤销，人员被遣散，业务实际上被取消，于1979年1月恢复重建。1999年2月8日，砚山县人民检察院由胜利街79号迁往位于砚华中路的县地矿局五楼租房办公。2004年3月30日迁入砚华东路119号办公大楼。2012年“两房”建设项目开工，2016年初竣工并投入使用。
自司法体制改革以来，先后开展了3次内设机构改革， 2019年3月，根据《中共云南省委机构编制办公室关于基层人民检察院内设机构调整方案的批复》《云南省基层人民检察院内设机构职责指导意见（试行）》等文件要求，砚山县人民检察院内设机构按“5+1+2”设置，即设有第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、综合业务部、办公室、政治部等内设机构，至此，砚山县人民检察院内设机构得以明确。
截止2020年，砚山县人民检察院有政法专项编制44名，实有干警43人，其中：员额检察官12人，司法行政人员6人，司法辅助人员25人（含10名司法警察）。
